Sur mon système qui n'a pas apparmor, mysqld démarré en ligne de commande, mais pas via systemd.
Systemd a des fonctionnalités pour protéger certains filesystem :

Change variable "ProtectHome" by "false" on "/etc/systemd/system/mysqld.service"
Reload systemd by "sudo systemctl daemon-reload"

Et pour ne pas perdre ses modifs, suivre plutôt ce lien : https://dba.stackexchange.com/questions/185302/mysql-mariadb-cannot-change-default-datadir-on-debian-9-1-server/191174

"According to Debian policy rules, you should set this option value in a custom file like /etc/systemd/system/mariadb.service.d/YOUR_CUSTOM_FILE.conf containing:"

[Service]

# Prevent accessing /home, /root and /run/user
ProtectHome=false