Finalemnt c'est censé marcher out of the box :

exemple des commentaires (c'est le rsync-path qui m'a sauvé moi)

rsync -azh --rsync-path="rsync --no-super" --delete --delete-excluded --exclude-from="/cygdrive/C/Rsync/exclude.txt" -e "ssh -i /cygdrive/C/Users/User/.ssh/id_rsa" --log-file="/cygdrive/C/Rsync/logDoc.txt" "/cygdrive/D/Mes documents" root@192.168.0.5:/volume1/NetBackup/User-PC